A la fin du 1998, alors que la nouvelle année se prépare, deux hommes reçoivent une mission : Enlevez la « Princesse ». Alors que Dante et Alastor la débute leur forfait, un évènement imprévu se produit. C'est alors que Dante et Alastor deront utiliser leur capacité caché.

Parviendons-t-il à combattre les ténèbres de Néo-Lark ?
Quel est le rôle de Narcisse dans cette histoire ?

RéincarnationS possède une histoire principal, « L'éveil de la Déesse », en plusieurs parties. Elle-même sera suivit par une histoire courte, « La folie des Ombres ». Ensuite, quelques parts d'ombre sur l'histoire seront dévoilé grâce au retour en arrière, d'abord dans l'Antiquité, avec Narcisse et Lars, « Origine ». Et pour finir, on découvrira également deux bonus avec « Zéro », qui traitera du passé des héros de « L'éveil de la Déesse » et d'une parente d'un des deux héros, « La Dame noire ».